دولت ایران، به ویژه درپی جملات تروریستی یازدهم سپتامبر ۲۰۰۱، فعالان مظنون القاعده را که در داخل مرزهای کشور زندگی می کنند در بازداشت خانگی نگاه داشته است. اما کارشناسان تروریسم می گویند گماشتگان القاعده اغلب از طریق ایران سفر می کنند و به اعصای گروه و وابستگان آن در کشورهای دیگر، مانند پاکستان، پول می رسانند.